Este museo fue fundado el 28 de febrero de 1918, en una seción extraordinaria del consejo de la facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
El museo es reconocido a nivel mundial por sus valiosas colecciones de botanica,zoología, geología y paleontología. En sus ambientes se conservan las muestras recolectadas por reconocidos científicos que establecieron los cimientes de la ciencia nacional, tales como Antonio Raimondi y Augusto Weberbauer.
Actualmemte los investigadores del museo desarrollan una importante actividad científica secundados por personal técnico especializado y estudiantes universitarios.
